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Nature Methods:下质量的组蛋白PTM抗体
公布工夫:2013-08-30        阅读次数:1686        

生物转达讲 美国芝加哥大学的研究人员开辟出质量稳固的重组抗体,能特异辨认组蛋白H3的三甲基赖氨酸残基,合适种种表观遗传学运用。那一结果于克日宣布正在《Nature Methods》在线版上。
组蛋白的翻译后润饰(PTM)正在表观遗传调控中施展重要作用。组蛋白PTM的抗体是表观遗传学研讨(如染色质免疫沉淀(ChIP)、免疫染色和免疫印迹)中的要害元素。但是,很多抗体不克不及特异辨认预定目的。另外,现在的组蛋白抗体以多克隆抗体居多,因而每一批抗体都是差别的产物,正在运用前需求普遍考证。
事实上,组蛋白的翻译后润饰是极具挑战性的抗体辨认靶点,由于各个润饰之间的化学差别很小,特别是甲基化状况之间,而且差别润饰位点四周的序列类似度下。并且,很易实现取天真肽段的下亲和力,如组蛋白的尾巴,由于联合时会有熵丧失。因而,难以发生下质量的抗体其实不出人意表。
为了处理那一“抗体瓶颈”,芝加哥大学生物化学取份子生物学系的研究人员最先了他们的探究。他们起首发明了一个单链Fc克隆(scFv4-5),它能高度特异天取三甲基赖氨酸联合,但亲和力和序列特异性低。为了改进联合功用,他们应用突变法审定出对辨认三甲基赖氨酸很重要的位置。随后应用突变数据设想出定制的噬菌体展现库,并凭据联合状况排序。他们发明了一个克隆(309M3-A),取H3K9me3的解离常数为24 nM,取scFv4-5比拟有80倍的改进,并且几乎不与其他肽段联合,展现出下亲和力和下特异性。它的批间差别也很小。
除H3K9me3的抗体,研究人员借开辟出H3K4me3的抗体。这个克隆被称为304M3-A,取H3K4me3的解离常数为16 nM,且特异性下,批间差别小。因为ChIP可以说是组蛋白PTM抗体的最重要运用,研究人员正在ChIP实行中磨练了这些重组抗体。效果注解,应用309M3-A和304M3-A的实行离别富集了带有H3K9me3和H3K4me3的特定位点。相比之下,阴性对比抗体已富集到任一名点,道清楚明了抗体联合的低配景。
作者以为,重组抗体的可再生性子让研究人员不再需求评价每一个抗体。重组抗体也能改形成差别的情势,适用于特定运用。总之,组蛋白翻译后润饰的重组抗体不只大大减速并改进了表观遗传学研讨,借无望实现新的研讨。      泉源:生物通